Národná konferencia je podujatie, na ktorom sa tri krát ročne stretávajú členovia IAESTE Slovakia. Zúčastňujú sa jej hlavne prezidenti lokálnych centier, viceprezidenti Národného Centra tak ako aj tajomník IAESTE Slovakia. Pre členov lokálnych centier je to možnosť, ako si prehĺbiť vzťahy medzi sebou, zapojiť sa do diskusií a užiť si pekný víkend. Medzi najdôležitejšie časti Národnej konferencie patrí schvaľovanie projektov IAESTE Slovakia. Súčasťou je taktiež burza odborných stáží, určenie rozpočtu na nasledujúci rok, kontrola hospodárenia jednotlivých lokálnych centier a národného centra. Počas Národnej Konferencie je navrhnutý letný program pre stážistov zo zahraničia a taktiež pre členov IAESTE Slovakia, ktorí sa budú zahraničným stážistom venovať. Obsah týchto stretnutí je závislí od obdobia v ktorom sa konferencie konajú. Národne konferencie napomáhajú k zlepšeniu komunikácie medzi jednotlivými centrami a taktiež je ich úlohou nájsť každoročné zlepšenie fungovania administratívy a projektov IAESTE Slovakia.